Die Bauherren der Burg von Strakonice waren Angehörige des bedeutenden Adelsgeschlechtes Bavor, die zu Beginn des 13. Jahrhunderts den Bau ihres Sitzes begannen. Im Jahre 1243 schenkte Bavor I. von Strakonice einen Teil der Burg mit der anliegenden Kirche dem Ritterorden der Johanniter. Die Mächtigkeit der Burg von Strakonice entsprach der Bedeutung ihrer Besitzer. Die Mauern standen bereits in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts.
Aus der gleichen Zeit stammt auch der Turm Rumpf l mit einem Sporn gegen feindliche Geschosse. Zu Beginn des 15. Jahrhunderts besaßen die Johanniter bereits die ganze Burg und die dazugehörige Herrschaft und wurden zu unversöhnlichen Gegnern der Hussiten. Im Kampf gegen sie waren sie jedoch nicht erfolgreich, und es ist offensichtlich, dass nur Zeitnot den Hussitenführer Žižka im Jahre 1420 daran hinderte, die Burg von Strakonice einzunehmen. Nach vierzehn Tagen brach Žižka die Belagerung der Burg ab, weil er Prag zu Hilfe eilen mußte. Das Kriegshandwerk brachte den Johannitern im 15. Jahrhundert keine großen Erfolge, dagegen haben sie 1467 ihren Hauptsitz beinahe eingebüßt. Im folgenden Jahrhundert wurde die Burg zu einem repräsentativen Sitz der Großprioren umgebaut. Am Ende des 16. Jahrhunderts war die bauliche Entwicklung der Burg von Strakonice im wesentlichen beendet.