Kostel sv. Maří Magdaleny byl založen Jindřichem z Hradce počátkem 13. století. V roce 1615 však tento původní kostel shořel. V letech 1628 - 1633 nechal Vilém Slavata na jeho místě vybudovat pozdněrenesanční kapli sv. Máří Magdalény s přepychovými štuky v klenbě a nádhernou výzdobou. Bývalá jezuitská kolej byla po zrušení Jezuitského řádu v 18. století upravena na kasárna. Kolej je Nežáreckou branou spojena s bývalým jezuitským seminářem, který je od roku 1927 sídlem jindřichohradeckého muzea. Komplex budov bývalé jezuitské koleje tvoří druhý největší objekt ve městě.
Kaple je po rekonstrukci otevřena od roku 1998. Je využívána k nejrůznějším společenským a reprezentativním účelům. Prohlídku kaple sv. Maří Magdaleny je možno objednat v informačním středisku.